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Questo studio dimostra che la ricostruzione attiva dell'habitat tramite apprendimento automatico può ottenere un aumento della fitness batterica equivalente a quello derivante da mutazioni genomiche, offrendo una via alternativa per superare le restrizioni genetiche.
Il paper introduce HiMaLAYAS, un pacchetto Python che abilita l'annotazione basata sull'arricchimento statistico di matrici gerarchicamente clusterizzate, trattando i cluster come unità statistiche per visualizzare annotazioni significative in ambiti biologici e non.
Lo studio dimostra che l'uso di un nuovo anticorpo monoclonale anti-CD160, che elimina le cellule NK e altri sottotipi di linfociti T citotossici, previene completamente il deterioramento della funzione miocardica in un modello murino di miocardite autoimmune, suggerendo una strategia terapeutica promettente per le malattie infiammatorie del cuore.
Questo studio presenta un'analisi sistematica delle dinamiche della superficie di interazione CAR nel ribosoma, utilizzando un approccio di "genetica computazionale" basato su simulazioni di dinamica molecolare e algoritmi di apprendimento automatico non supervisionato per rivelare come modifiche specifiche inducano cambiamenti comportamentali a distanza nel sito peptidilico, suggerendo l'esistenza di interazioni allosteriche a lungo raggio.
Questo studio integra analisi proteomiche, metabolomiche e lipidomiche su polmoni e muscoli di 12 focene del porto in salute compromessa per identificare firme molecolari e pathway biologici alterati che collegano lo stress ambientale a risposte immunitarie e metaboliche sistemiche, fornendo nuovi biomarcatori per il monitoraggio della salute di questa specie sentinella.
La competizione tra ribosomi mitocondriali e citosolici genera un interruttore metabolico bistabile nel lievito *Saccharomyces cerevisiae*, dove un ciclo di feedback positivo nella traduzione mitocondriale determina la scelta epigenetica tra uno stato di fermentazione (arrestor) e uno di respirazione (recovery), un meccanismo conservato anche nel lievito fission.
Questo studio valuta l'impatto delle incertezze profonde sui modelli PBPK, rivelando che errori nei parametri predetti e assunzioni non validate generano una variabilità significativa nelle previsioni di esposizione tissutale, con particolare divergenza per le molecole lipofile e protonate.
Questo studio propone una strategia di ottimizzazione accoppiata bimodale che spiega come i sistemi biologici, come il cuore e le isole pancreatiche, alternino dinamicamente tra modalità sincronizzate (per massimizzare l'efficienza energetica) e desincronizzate (per soddisfare la domanda funzionale), integrando principi ingegneristici e scienze della vita.
Questo studio presenta un nuovo framework computazionale basato sull'analisi dei colli di bottiglia che, utilizzando dati di trascrittomica, quantifica la capacità biosintetica dei glicani nei tessuti con una risoluzione continua e superiore rispetto ai tradizionali metodi binari a soglia.
Uno studio clinico randomizzato e controllato ha dimostrato che una formulazione orale proprietaria di NAD+ (LNAD+) aumenta rapidamente i livelli intracellulari di NAD+ e il flusso metabolico negli adulti sani senza elevare i livelli circolanti, mantenendo un profilo di sicurezza favorevole.
Questo studio presenta un nuovo approccio modellistico integrativo che risolve le discrepanze tra dati eterogenei di studi cellulari sull'agonista del recettore GLP-1R (exenatide), permettendo di trarre conclusioni unificate e validare meccanismi clinicamente rilevanti per la scoperta di farmaci.
Lo studio rivela che la composizione amminoacidica degli enzimi metabolici umani non segue un semplice principio di minimizzazione dei costi, bensì emerge in quattro "archetipi" distinti legati a strategie economiche complesse (risparmio, scambio e internalizzazione delle esternalità) che caratterizzano specificamente gli organismi multicellulari.
Utilizzando la teoria dei grafi estremali, questo studio dimostra che la predominanza di giunzioni triforcate nelle reti mitocondriali rende statisticamente probabile la formazione di un grande componente connesso, suggerendo che tale struttura possa essere un modello nullo naturale piuttosto che il risultato di specifiche funzioni biologiche.
Questo studio presenta un'analisi proteogenomica pan-tumorale del sistema ubiquitina-proteasoma che identifica E3 ubiquitine ligasi clinicamente rilevanti, ne mappa le reti regolatorie e introduce la piattaforma interattiva UbiDash per guidare lo sviluppo di terapie mirate.
Il paper presenta MINGL, un framework probabilistico che trasforma le annotazioni discrete dei quartieri cellulari in misure continue di architettura tissutale, permettendo di quantificare con precisione gradienti, eterogeneità e confini nelle organizzazioni multicellulari attraverso diverse piattaforme di spatial-omics.
Lo studio identifica un collo di bottiglia di rete accoppiato alla traiettoria, mediato dall'asse CDK1-CDKN1A-WEE1, che governa la resistenza alla gemcitabina nei modelli di PDAC 3D e si conferma come un meccanismo critico di sopravvivenza cellulare e metastasi in un ampio atlante di pazienti.
Il paper presenta VIOLIN, un framework modulare e configurabile per la riconciliazione scalabile di interazioni molecolari estratte da testi scientifici con modelli strutturati, capace di classificare le nuove evidenze come conferme, contraddizioni, casi da segnalare o estensioni e di validare i risultati attraverso l'uso di diversi sistemi NLP e modelli linguistici su vari corpus.
Questo studio ha mappato il paesaggio dell'energia libera di Gibbs nel metabolismo epatico del topo, rivelando una notevole robustezza termodinamica che permette al fegato di mantenere il controllo metabolico e di passare efficientemente dalla glicolisi alla gluconeogenesi sia durante il digiuno che in condizioni di obesità, nonostante le significative fluttuazioni delle concentrazioni dei metaboliti.
Il pacchetto R NeighborFinder introduce un metodo di inferenza di reti locali efficiente e interpretabile per identificare le interazioni dirette attorno a una specie microbica di interesse, superando i limiti computazionali e di focalizzazione degli strumenti di rete globale esistenti.
Questo studio presenta un approccio di apprendimento automatico basato su grafi in grado di prevedere in modo accurato gli effetti delle perturbazioni geniche su fenotipi molecolari, riducendo la necessità di esperimenti costosi e permettendo la generalizzazione ad altri fenotipi e geni non misurati.